Au quotidien, les membres du Conseil définissent les orientations stratégiques et financières ainsi que les positions de politique générale sur les filières de la pêche maritime et des élevages marins à La Réunion.
Le Conseil délègue également à un Bureau composé de 29 membres, titulaires et suppléants, certaines de ses compétences, à l’exception des délibérations relatives au budget, à l'approbation des comptes annuels, aux cotisations professionnelles obligatoires, à la création des antennes locales et aux actes qui engagent le patrimoine immobilier du comité.
Outre le président et les quatre vice-présidents qui y siègent de droit, le Bureau du CRPMEM de La Réunion est composé de douze titulaires et de douze suppléants, répartis comme suit :
• 9 représentants des chefs d’entreprises ;
• 2 représentants des équipages et salariés ;
• 1 représentants du premier achat et de la transformation.